《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
“The 3rd Division”结束后经过了5年,日本国土分裂为东西两国,东边由“CFC”统治,西边由“日兴连”统治。原首都东京变成无法治地带,其中因战争而荒废的都市丰岛被犯罪组织“VISKIO”占领了,并在那里举行一场名为“IGURA”的死亡格斗游戏。故事的主角明,因不存在于自身记忆中的杀人行为而被逮捕,作为无罪释放的条件而被迫参加这场死亡格斗游戏,并且还要击败犯罪组织“VISKIO”之王。明又将如何面对接踵而来的命运呢,血色物语即将开幕……