100年前，沙漠之都——迪塞尔市因为神奇宝贝之间的战斗而遭受严重破坏那场战斗的起因是由于一只神奇宝贝的存在。在这只神奇宝贝后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静……在小智与皮卡丘一行的旅途中，