2018年から2020年に放送されていたアニメ「ゲゲゲの鬼太郎」第6期の映画化作品にあたる。「鬼太郎誕生ゲゲゲの謎」のタイトルで、鬼太郎の誕生に隠された謎が描かれる。

西暦2041年。突如現れた、正体不明の敵「ゼラバイア」が地球に迫っていた。ゼラバイアの地球侵攻を予見し、密かに対準備を進めていた謎の大富豪、クライン・サンドマンは武装戦隊「アース・ガルツ」を率いて、ゼラバイアに立ち向かう。アースガルツが所有する人型メカ「グランカイザー」に4台の戦闘機「グランディーヴァ」が合体することで巨大ロボット「ゴッドグラヴィオン」が誕生する。ゴッドグラヴィオンは、その強大な力でゼラバイアを撃退する。だが…。