“不论何种谜团都全部解明，这就是我雷顿侦探社的宗旨”雷顿教授的女儿卡特莉艾尔·雷顿，和会说话的狗夏洛以及助手诺亚一起经营雷顿侦探社，每天都在解决发生在伦敦的不可思议事件。原本为了寻找突然失踪的父亲艾尔

进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前，随着咔哒咔哒的木屐

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤， 缅因猫兽再度开始暴走.从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙。西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。