在大冒险01三年后，本宫大辅、井上京、火田伊织、一乘寺贤四个小朋友、与及01中拯救数码世界的八位小朋友一起进入数码世界进行冒险。

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。

2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃……古代曾经拯救数码暴龙

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。

2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的