初中生春日恭介生在一个超能力家族，为了避免不必要的麻烦，春日家相约保守这个秘密，却又因家庭成员一次次破戒而不得不频繁搬家。这一次，他们来到一座新的城市。因一顶飘落的红草帽，恭介邂逅了美丽的长发少女鲇川圆，于是便对这座城市有了好感。及至进入新的学校，恭介才发现鲇川竟是自己的同班同学。鲇川个性独立、刚强，因其不良少女的身份而被同学孤立。和她亲近的只有低年级的小师妹桧山光。偶然机缘，阿光喜欢上了呆头呆脑的恭介，从此以其自居，而恭介似乎更加喜欢鲇川。另一方面，在随后的交往中，鲇川也对恭介有了好感，却因阿光而有所顾

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。——然而，这并