这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有

自幼患难治之症，六年前遭遇事故失去双亲，自己也身受重伤的少女——七转福音，变成了除了大脑全身都是义体的孤独少女被远亲拜托而前往人工岛「赛男克鲁岛」的她，在那里遇到了猫耳女仆装的美少女型杀人机器克拉里昂