故事发生在水果世界之中曾经，这里笼罩在宁静和祥和的氛围之下，直到有一天，守护着这个世界的七彩莲花被偷走了，噩梦开始了。邪恶的老板霸占了七彩花果山，在那里建造了一间水果加工厂，老板手下有着邪恶的四名爪牙

果宝特攻第二部接第一部讲的是水果世界出现了一间水果加工厂，老板是令整个水果世界闻风丧胆的大魔头，他每隔一段时间就会派四大恶贼等将大批水果村民抓到加工厂里搅拌成果酱和果汁，惨不忍睹果冻学院无极和英雄两位

果冻武术学院里本来是一个和谐的地方，果冻们在里面快乐地学习、玩耍不料有一天来了一个不速之客，他是四大恶贼之一――贼眉鼠眼，他扰乱了学院里的安宁方丈为了维护和平，把夜燕以及上官子怡，梨花诗，花如意赶到天

果宝特攻3，顾名思义是果宝特攻的第二部续集，已在国家广播电影电视总局备案暂定剧情为：菠萝吹雪偶然间穿越到了古代的水果世界古代水果尚未经过培植改良，都是野果，菠萝吹雪从他们身上学习到中华兵法及古代书画，